由于摩托罗拉E1的USB数据线传输速率较慢，向手机中传入歌曲便需要较长时间，所以建议用户在更新歌曲时不要点选“自动填充时替换所有歌曲”一项，以免写入重复数据导致传输过程缓慢。据香港用户反映，香港地区发售的摩托罗拉E1最多仅能存放50首歌曲，存储容量是在美国销售版本的一半，这意味着用户即使买了512MB的T-Flash卡，仍然只能通过iTunes存放50首歌曲。比起容量达到GB级，能够存储上千首音乐的iPod系列产品而言，E1确实是令人失望。

　　偏好设置中，用户可设置联机即自动开启iTunes，若启动磁盘功能还能自定义歌曲与数据文件存储的空间分配。若用户的电脑连接了互联网，还可浏览iTunes网上音乐商店试听或购买音乐，为保护音乐版权贡献一份力量。由于当前iTunes音乐商店并没有在中国地区内授权，所以只能通过登陆其它国家的iTunes音乐商店选购音乐，购买之前用户必须要有帐号并提供电子邮件、信用卡相关信息等。

　　新版本的iTunes软件还提供Podcast、制作音频光盘、诊断CD等实用功能。Podcast可通过因特网下载广播节目，若用户电脑配备了兼容iTunes的CD或DVD刻录机，能将音乐备份至光盘中，而运行CD诊断程序可得出系统版本、系统显卡、CD等设备的详细信息。